Gouverneur du Sénégal à deux reprises, Faidherbe transforme quelques comptoirs côtiers en une colonie territoriale par une succession de campagnes militaires contre le Walo, le Cayor, le Fouta-Toro et l'empire toucouleur d'El Hadj Omar Tall. Les colonnes qu'il dirige pratiquent la destruction des villages et des récoltes pour soumettre les populations.

Il crée en 1857 le corps des tirailleurs sénégalais, recruté d'abord en partie parmi des captifs rachetés, qui servira ensuite dans toutes les guerres coloniales françaises puis dans les deux guerres mondiales. Il est également l'auteur de travaux ethnographiques et linguistiques nourris par une hiérarchie raciale explicite, caractéristique de la pensée coloniale de son temps.

Sa statue à Lille et à Saint-Louis du Sénégal fait l'objet de contestations récurrentes depuis les années 2010.