Bertrand Clauzel occupe deux fois le gouvernement général de l'Algérie, en 1830-1831 puis en 1835-1836. Il est l'un des premiers à formuler et à mettre en œuvre un projet de colonisation de peuplement : ses *Nouvelles observations sur la colonisation d'Alger* défendent l'installation de colons européens et l'appropriation des terres. Il fait saisir les biens habous, c'est-à-dire les fondations religieuses musulmanes, pour les redistribuer.

La conquête sous ses ordres est brutale. En novembre 1830, à Blida, les troupes françaises massacrent environ huit cents habitants désarmés en représailles de la mort de vingt et un soldats tués au combat. Le rapport de un à quarante n'est pas un accident : c'est la logique de représailles collectives qui structurera toute la conquête, celle que Bugeaud systématisera ensuite.

Sa carrière commence ailleurs et cela compte : il sert dans l'expédition de Saint-Domingue de 1802-1803, envoyée par Bonaparte pour reprendre l'île et y rétablir l'esclavage. Il est donc l'un des rares hommes de ce répertoire à avoir servi les deux entreprises, la restauration de l'esclavage aux Antilles et la conquête de l'Algérie.

Une rue du 9e arrondissement de Paris porte son nom depuis 1864, une autre à Toulouse. Son cas partage avec celui de Pélissier une difficulté d'arbitrage : « le Clauzel  » est un lieu-dit occitan répandu, et plusieurs voies portant ce nom n'ont aucun rapport avec le maréchal.