David Ben Gourion proclame l'établissement de l'État d'Israël le 14 mai 1948 et dirige le gouvernement, ainsi que le ministère de la Défense, pendant la guerre qui suit. En France, les voies qui portent son nom l'honorent comme fondateur d'un État.

Pourtant, environ 700 000 Palestiniens sont contraints de quitter leur foyer en 1948, épisode désigné sous le nom de Nakba. L'ouverture des archives israéliennes dans les années 1980 a permis d'établir qu'une partie de ces départs résulte d'expulsions ordonnées par les forces israéliennes, et non de la seule fuite devant les combats. Le cas le mieux documenté est celui de Lydda et Ramla en juillet 1948, d'où plusieurs dizaines de milliers d'habitants sont chassés.

L'historien Ilan Pappé soutient l'existence d'un projet délibéré de nettoyage ethnique dont le Plan Dalet, adopté en mars 1948, aurait été l'instrument. Avi Shlaim occupe une position intermédiaire. Le rôle personnel de Ben Gourion est au centre de cette controverse, ses journaux constituant l'une des sources primaires les plus discutées.

Un point fait en revanche l'objet d'un large accord : le gouvernement qu'il dirige décide en 1948 de ne pas autoriser le retour des réfugiés, malgré la résolution 194 de l'Assemblée générale des Nations unies, et les terres abandonnées sont reprises par la loi sur les biens des absents de 1950.