Commandant supérieur du Soudan français, Archinard mène entre 1888 et 1893 les campagnes qui abattent l'empire toucouleur fondé par El Hadj Omar Tall. Ségou tombe en 1890, Nioro puis Bandiagara suivent. Ahmadou Tall, souverain vaincu, est contraint à l'exil et meurt loin de ses États.

Ses méthodes lui valent des rappels à l'ordre de sa propre hiérarchie : il engage des opérations sans autorisation, présente Paris devant le fait accompli, et pratique la destruction des villages et le déplacement contraint des populations. Cette autonomie des officiers soudanais est caractéristique d'une conquête menée largement contre les instructions du pouvoir civil.

À la prise de Ségou, il fait saisir la bibliothèque omarienne, plusieurs milliers de manuscrits arabes et peuls envoyés en France, aujourd'hui conservés à la Bibliothèque nationale. Leur restitution figure parmi les demandes régulièrement adressées à la France par le Mali.