Le nom de Pélissier reste attaché à l'épisode le plus documenté de la guerre de conquête algérienne. En juin 1845, la tribu des Ouled Riah, en révolte, se réfugie dans les grottes du Dahra. Pélissier fait entasser des fagots devant les entrées et y met le feu. Les estimations du nombre de morts, hommes, femmes et enfants confondus, vont de cinq cents à plus de mille.

Contrairement à d'autres exactions restées confidentielles, celle-ci est connue parce que Pélissier la rapporte lui-même dans un compte rendu détaillé à sa hiérarchie. Le document parvient à la presse et provoque un scandale en France et en Europe. Bugeaud, gouverneur général, le couvre et revendique la méthode devant la Chambre. Quelques semaines plus tard, le colonel Saint-Arnaud recommence dans les grottes des Sbéah.

Loin d'être sanctionné, Pélissier poursuit une carrière exemplaire : la prise de la tour Malakoff en Crimée lui vaut le bâton de maréchal et un titre ducal, et il termine gouverneur général de l'Algérie.