Officier en Algérie à partir de 1832, Cavaignac participe pleinement au système de la razzia mis en place par Bugeaud. En 1844, il fait asphyxier des membres de la tribu des Sbéah réfugiés dans des grottes, préfigurant d'un an les enfumades du Dahra conduites par Pélissier. La méthode est alors assumée comme un moyen de soumission des tribus insoumises.

Nommé gouverneur général de l'Algérie en 1848, il est rappelé à Paris par l'Assemblée constituante, qui lui confie les pleins pouvoirs pour réprimer l'insurrection ouvrière née de la fermeture des Ateliers nationaux. Du 23 au 26 juin 1848, l'armée reprend les quartiers insurgés au canon. Le bilan est estimé entre trois mille et cinq mille morts, suivis de onze mille arrestations et de déportations, en Algérie pour une large part.

Candidat malheureux à l'élection présidentielle de décembre 1848 face à Louis-Napoléon Bonaparte, il reste dans la mémoire ouvrière sous le nom de « boucher de juin  ».