Nommé gouverneur général de l'Algérie en 1840, Bugeaud y applique une stratégie assumée de guerre contre les populations et non seulement contre les combattants : colonnes mobiles, destruction des récoltes, des villages et des troupeaux, razzias systématiques destinées à briser les moyens de subsistance des tribus.

Cette doctrine culmine dans les « enfumades  », où des tribus réfugiées dans des grottes sont asphyxiées par le feu. La plus connue, celle du Dahra en juin 1845, est menée par le colonel Pélissier et fait plusieurs centaines de morts, hommes, femmes et enfants ; le colonel Saint-Arnaud recommence à quelques semaines d'intervalle. Bugeaud couvre et revendique ces méthodes devant la Chambre.

Avant l'Algérie, il avait dirigé la répression de l'insurrection républicaine parisienne d'avril 1834, dont les troupes placées sous son commandement se rendent coupables du massacre de la rue Transnonain, et il avait été le geôlier de la duchesse de Berry.