Commandant supérieur du Haut-Fleuve de 1880 à 1883, Borgnis-Desbordes ouvre par les armes la route du Niger. Il installe le fort de Kita en 1881, puis celui de Bamako, dont il pose la première pierre le 7 février 1883. Ces deux postes fixent l'emprise française sur le Haut-Sénégal et le Haut-Niger, qui deviendra en 1890 le Soudan français, aujourd'hui le Mali.

Sa manière est celle des colonnes : destruction de villages, réquisitions, colonnes de portage, et guerre ouverte contre les États de la région, l'empire toucouleur comme celui de Samory Touré. En 1881, quelques semaines après avoir reçu l'ordre de s'arrêter à Kita, il détruit le village de Goubanko, quinze kilomètres plus à l'est. Le ministère de la Marine, qui privilégiait alors une pénétration pacifique, le laisse faire et finit par le suivre : c'est Borgnis-Desbordes qui impose l'idée que « la conquête pacifique du Niger est une illusion  ».

Il est le premier maillon d'une chaîne que ce répertoire recense déjà : Gallieni commande le Soudan à partir de 1886, Archinard de 1888 à 1893. L'insubordination des officiers soudanais, qui engagent des opérations sans autorisation et placent Paris devant le fait accompli, commence avec lui.

Il termine sa carrière en Indochine, où il commande en chef les troupes et meurt à Hanoï en 1900. Vannes, Lorient, Brest, Morlaix et Versailles honorent son nom.